融合蛋白質(zhì)語言模型與深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的植物蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測研究
所屬分類：技術(shù)論文
上傳者：wwei
文檔大小：3648 K
標(biāo)簽： 植物蛋白質(zhì)相關(guān)性 蛋白質(zhì)語言模型 深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)
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文檔介紹：預(yù)測植物中的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）具有重要的生物學(xué)意義。同時(shí)采用了4種編碼方法及深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建了蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測模型。結(jié)果表明，提出的融合蛋白質(zhì)語言模型Ankh與深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的方法構(gòu)建的PPI預(yù)測模型性能在3種植物數(shù)據(jù)集上均獲得了最優(yōu)的AUPR和AUC值，Sen及MCC值也均優(yōu)于其他4種蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測模型。當(dāng)模型在水稻、大豆的植物PPI數(shù)據(jù)集上進(jìn)行測試時(shí)，所提出的模型AUPR值分別為0.802 5、0.730 1，AUC值分別為0.956 2、0.950 7。這些優(yōu)異的結(jié)果表明，融合蛋白質(zhì)語言模型Ankh的PPI模型可以作為植物蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測的一個(gè)有前途的工具。
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